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1、企业可以与职工签订保密合同保护商业秘密。

我国《劳动法》第二十二条规定：“劳动合同当事人可以在劳动合同中约定保守用人单位商业秘密的有关事项。”因此，用人单位可以在劳动聘用合同、知识产权权利归属协议或者技术保密协议中，与相关人员订立保密合同。利用合同对商业秘密进行保护，是一种比较好的选择。因为在用人单位依据劳动合同提起侵犯商业秘密的诉讼时，由于用人单位手中有一份与被告签署的保密合同，合同已载明了商业秘密的名称、范围及其他条款，用人单位在诉讼中仅凭合同本身就能够证明被告已经知道特定的信息是原告的商业秘密，并且承诺承担相应的保密义务和违约责任，从而使用人单位的举证工作变得相对容易，胜诉的可能性随之增大。

2、企业可以采取经济手段保护商业秘密。

一是以优厚的待遇来保护商业秘密。即对接触、使用企业商业秘密的职工，特别是高级管理人员给予较优厚的工资、奖金、津贴待遇，同时在劳动合同中写明，一旦享受特殊津贴，则应负有相应的保密义务。

二是以劳动合同长期化来保护商业秘密。在职员流动比较普遍的今天，这一方法更具有重要作用。劳动合同长期化，可以使关键岗位(接触、掌握商业秘密)的职工，由于收益长期性的预期而留在岗位上。

三是以吸纳股东来保护商业秘密。即允许商业秘密的发明人，接触、掌握商业秘密的人拥有部分股权，成为企业的股东，使之与企业形成休戚相关的命运共同体。

3、企业应当建立健全商业秘密保护制度。

一是建立商业秘密的保护机构。商业秘密与国家秘密虽然层次不同，但保护的要求、制度措施、防范手段、宣传教育等大体相似，因此可以把国家秘密与商业秘密纳入统一管理，分别对待。如果原来已有机构管理国家秘密的，可以由其承担管理国家秘密和商业秘密的双重任务。不过，这样做的前提是要加强保密机构的力量。目前，一些国有企业已经开始这方面的尝试。他们的主要做法是：明确一名企业主要领导人负责保密委员会的全面工作;在保密委员会成员中增加行政业务处室领导的比例;明确懂技术、通业务的专职人员负责商业秘密的日常管理。

二是建立企业内部的保密制度。国家保密部门已经颁布的一系列保守国家秘密的制度，是针对各种泄密渠道提出的保密行为规范，很多都适合于商业秘密的管理，企业可以根据商业秘密的不同特点，进行取舍、充实，制订出一套符合商业秘密运作规律的管理制度。

虽然国家法律制度肯定是保护商业秘密的，但在商业秘密受到侵犯的情况下，就算是追究了侵权方的刑事责任，可能也难以弥补给公司造成的损失，所以从一开始公司就要重视对商业秘密的保护。